運行期故障是電磁流量傳感器經調試并正常運行一段時期后出現的故障，常見的運行期故障一般由流量傳感器內壁附著層、雷電打擊以及環境條件變化等因素引起。
傳感器內壁附著層
    由于電磁流量傳感器常用來測量臟污流體，運行一段時間后，常會在傳感器內壁積聚附著層而產生故障。這些故障往往是由于附著層的電導率太大或太小造成的。若附著物為絕緣層，則電極回路將出現斷路，儀表不能正常工作；若附著層電導率顯著高于流體電導率，則電極回路將出現短路，流量傳感器也不能正常工作。所以，應及時清除電磁流量傳感器測量管內的附著結垢層。
雷電打擊
    雷擊容易在流量傳感器線路中感應出高電壓和浪涌電流，使傳感器損壞。它主要通過電源線或勵磁線圈或傳感器與轉換器之間的流量信號線等途徑引入，尤其是從控制室電源線引入占絕大部分。
環境條件變化
    在調試期間由于環境條件尚好，流量傳感器工作正常，此時往往容易疏忽安裝條件。在這種情況下，一旦環境條件變化，運行期間出現新的干擾源,比如在流量傳感器附近管道上進行電焊或者附近安裝上大型變壓器等，就會干擾儀表的正常工作，流量傳感器的輸出輸出信號就會出現波動。