三菱PLC程序的調試順序一般是先輸入程序，檢查電氣線。然后進行模擬調試，可以采用系統提供的模擬臺調試，也可以在關閉系統強電的條件下模擬調試，例如關閉主軸強電空開，那么調試中即使PLC動作有誤，由于主軸電動機不會實際運轉，所以也不會引起事故。接著運行調試和非常規調試，驗證安全保護和報警的功能 這部分工作一般也分為模擬調試和運行中調試，以防如果保護功能失效而損壞器件和設備。最后進行安全檢查并投入考驗性試運行。
       將設計好的程序寫入PLC后，首先逐條仔細檢查，并改正寫入時出現的錯誤。用戶程序一般先在實驗室模擬調試，實際的輸入信號可以用鈕子開關和按鈕來模擬，各輸出量的通/斷狀態用三菱PLC上有關的發光二極管來顯示，一般不用接PLC實際的負載(如接觸器、電磁閥等)。可以根據功能表圖，在適當的時候用開關或按鈕來模擬實際的反饋信號，如限位開關觸點的接通和斷開。

       對于順序控制程序，調試程序的主要任務是檢查程序的運行是否符合功能表圖的規定，即在某一轉換條件實現時，是否發生步的活動狀態的正確變化，即該轉換所有的前級步是否變為不活動步，所有的后續步是否變為活動步，以及各步被驅動的負載是否發生相應的變化。
       在調試時應充分考慮各種可能的情況，對系統各種不同的工作方式、有選擇序列的功能表圖中的每一條支路、各種可能的進展路線，都應逐一檢查，不能遺漏。發現問題后應及時修改梯形圖和三菱PLC中的程序，直到在各種可能的情況下輸入量與輸出量之間的關系完全符合要求。
       如果程序中某些定時器或計數器的設定值過大，為了縮短調試時間，可以在調試時將它們減小，模擬調試結束后再寫入它們的實際設定值。在設計和模擬調試程序的同時，可以設計、制作控制臺或控制柜，三菱PLC之外的其他硬件的安裝、接線工作也可以同時進行。
三菱PLC程序模擬調試的基本思想是，以方便的形式模擬產生現場實際狀態，為程序的運行創造必要的環境條件。