作為離子色譜儀器的心臟，離子色譜的分析柱一直是影響離子色譜分析結果的一個重要因素。

　　目前，離子色譜用的分析柱主要由一定內徑的柱管加上不同類型的填料所組成，針對離子色譜流動相比較多的采用酸、堿、鹽的特點，目前，多數離子色譜柱管材料由PEEK材料所組成，隨著離子色譜對柱效要求的提高，離子色譜所用的填料顆粒也越來越小，同時也對柱管所能夠承受的壓力要求越來越高，新型的離子色譜柱要求能夠承受40MPa的壓力。

　　此外，對特定的分離方式色譜柱，色譜柱內徑可采用9mm規格，而對于一些用于半制備用途的離子色譜柱，也可采用大內經規格。

　　一般離子色譜柱內徑約為4mm或4.6mm，這樣的色譜柱比較適合于常規1ml/min流量的分析，針對特定的痕量分析和聯用技術的需要，新型的離子色譜柱液采用微孔型離子色譜柱，微孔型離子色譜柱內徑約為2mm，需要的流量只要常規離子色譜的1/4，但對于同樣的進樣量，檢測信號可以提高4倍，而所用流動相大大減少，是離子色譜今后一個發展方向。