在液相色譜儀分析中，根據流動相和固定相相對極性的不同，可分為正相色譜和反相色譜。所謂正相色譜是指固定相極性大于流動相極性的情況，反之，固定相的極性小于流動相的極性，則稱為反相色譜。

　　正相分析的場合：

　　假設使用的溶劑是15%二氯甲烷/己烷混合溶液，樣品在二氯甲烷中更易溶解。如果樣品可以在流動相中完全溶解自然沒有問題。

　　如果樣品不能溶解在溶劑中，選擇100%二氯甲烷作為溶劑的情況下可能會產生故障。

　　在一般情況下，經常使用混合溶劑作為流動相。哪種組合易于樣品溶解可以從樣品的洗脫時間上看出。在選擇溶解樣品的溶劑之前，把流動相的組成在5~10%變化范圍內各種樣品的洗脫時間作比較，選擇樣品容易溶解的溶劑。因為，樣品和溶劑、流動相互相溶解是分析的前提條件。

　　反相分析的場合：

　　假設使用的溶劑是50%的乙腈，使用的樣品在乙腈中比在水中更易溶解。當然，的方法是使樣品完全溶解于流動相中。

　　然而，如果樣品不能溶解在流動相中，如何選擇溶劑呢？100%的乙腈溶液？或者濃度50%以下的乙腈水溶液？這種情況下，個選擇就是濃度50%以下的乙腈水溶液。第二個選擇就是100%的水溶液，可以100~500微升注入。差的選擇是100%乙腈溶液。因為即使樣品完全溶解在了100%的乙腈溶液中，隨著流動相的加入，可能乙腈溶液被稀釋導致樣品析出。輕則造成上述a,b兩種故障，重則向c,d發展。嚴重則發生f的故障，那就只能更換色譜柱了。

　　然而，混合樣品的情況下可能發生g的故障。判斷樣品會不會在色譜柱內部析出可以通過以下步驟。減少樣品較易溶解的，溶劑量，然后試著增加注入量。也就是說，如果是要求注入在100%乙腈溶液中溶解的樣品20ul，可以試著注入在20%乙腈中溶解的樣品125ul。如果上述的故障消失了，則說明使用100%乙腈作為溶劑是不合適的，樣品會在色譜柱內析出。

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